S був представлений в 1998 році як спортивна модель, що отримала назву "S", яка має важливе значення в історії BMW Motorrad. Двигун був побудований на базі єдиного на той час 1100-го боксера (1085 куб.см), а ступінь стиснення був збільшений з 10,7 до 11,3, зі спеціально кованими шатунами, оптимізованою системою впуску, глушником великої ємності, цифровою моторною електронікою нового покоління і двоіскровим запалюванням. Характеристики були збільшені до 98 к.с. при 7500 об/хв і максимального крутного моменту до 97 Нм при 5750 об/хв.