1199 Panigale S був представлений одночасно з моделлю вищого класу 1199 Panigale з 2012 по 2014 рр. Серія 1199 Panigale замінила решітчасту раму 1198 на алюмінієву раму монокока і новий двигун. Серія 1199 Panigale стала моделлю, яка проклала шлях до нової ери супербайків Ducati, з двигуном Superquadro зі збільшеним об'ємом і коротким ходом поршня, мокрим зчепленням, електроприводом та іншими нововведеннями. Новим обладнанням також був оснащений літак 1199 Panigale S типу S. Першою з них стала підвіска з електронним управлінням (DES = Ducati Electronic Suspension), перша в своєму класі. Налаштування підвіски автоматично змінювалися відповідно до перемикання режимів руху, що забезпечуються системою ride-by-wire, а також могли бути відрегульовані відповідно до уподобань водія. S-тип також став першим серійним автомобілем, в якому були застосовані світлодіодні фари (базова модель мала галогенні фари). Він був оснащений кованими алюмінієвими колесами від Marchesini та аеродинамічним обвісом для покращення стійкості на швидкості понад 300 км/год. В якості варіанту випускалася також модель Tricolore з ABS і DDA+ (аналізатор даних) в стандартній комплектації (див. окремий розділ), ABS була опціональною.