1299 Panigale R Final Edition, представлений в 2017 році, став фінальною моделлю 1299 Panigale з двигуном L-Twin з великим робочим об'ємом (1285 куб.см) (офіційне встановлення модельного року починається з 2018 модельного року). Однак, хоча "R" називає себе "Final Edition", це не означає, що модель 1299 Panigale R існувала до попереднього року. Для Ducati Superbikes модель "R" була омологацією для перегонів Superbike, і оскільки правила передбачали, що "транспортні засоби з двоциліндровим двигуном повинні бути обмежені об'ємом 1200 куб. см" (на той час),1 Ducati з 2015 по 2017 рік, коли з'явився 299 Panigale, мала Panigale R з об'ємом двигуна 1 198 куб.см був включений в модельний ряд з метою омологації. Тим часом Ducati розробила Panigale V4 з двигуном V4 замість L-образного, який використовувався раніше, і з 2018 року він стане наступником 1299 Panigale. Таким чином, "R Final Edition" 1299 Panigale мав стати "останньою спеціальною моделлю" з останнім L-подібним двигуном супербайка Ducati. Хоча це був останній двигун і шасі для цієї моделі, він розвивав максимальну потужність на 209 к.с. більше, ніж 1299 Panigale, завдяки переглянутим розподільчим валам і впускним каналам, а також був оснащений новітнім шестиосьовим IMU (інерційним вимірювальним блоком) та іншими модернізаціями. Це була справді модель, гідна бути останнім представником супербайків з великим робочим об'ємом L-образного двоциліндрового двигуна.