"Темна" модель в лінійці Ducati мала просту ліврею чорного кольору та дещо спрощене оснащення, щоб зробити її більш конкурентоспроможною за ціною. Не стала винятком і "темна" версія Monster S2R, без козирка приладів і капота тандемного сидіння, яка випускалася з 2005 по 2006 рік. S2R Dark також оснащувався такими ж дводисковими передніми гальмами.