XR100R був випущений в 1990 році і залишався в лінійці до 2003 модельного року як спеціальний позашляховик з індексом HE03 і 4-тактним одноциліндровим двигуном OHC з повітряним охолодженням об'ємом 99,2 куб.см. П'ятиступінчаста задньопривідна трансмісія, передні та задні барабанні (передні-задні) гальма і 19-дюймові передні/16-дюймові задні колеса також залишилися без змін. КР. Відзначимо, що з 2004 модельного року модельний ряд перетворився на CRF100F. *Придбання номерних знаків та їзда по дорогах загального користування неможливі.