Версія Baja з'явилася з дебютом XR250 (Super XR), який став втіленням серії спеціальних позашляховиків XR в позашляховий мотоцикл для використання на дорогах загального користування (в той час Honda називала його "сухопутним спортивним мотоциклом"). Ця баха Super XR Baja була офіційно відома як XR BAJA (без 250). Він випускався до 2003 модельного року, зазнавши кілька незначних змін, включаючи більший паливний бак (в порівнянні з XR250) в наступному році.