FZ6 S2 був представлений у 2007 році як вдосконалена модель FZ6. FZ6 S2 не був офіційно представлений в Японії, але поширювався як "реімпортована" модель, і хоча його базова конфігурація була схожа на FZ6, наприклад, рядний чотирициліндровий двигун з рідинним охолодженням у стилі YZF-R6, реакція на дросельну заслінку була додатково покращена за рахунок змін у схемі впорскування та інших модифікацій. Передні гальма оснащувалися опозитними чотирисупорними моноблочними супортами. Прилади були такими ж, як і на FZ1 тієї ж епохи, з аналоговим тахометром і цифровим спідометром. FZ6 Feather S2 з напівкапотом також був доступний, як і FZ1. 2009 рік ознаменувався появою його наступника, серії XJ6, яка завершила історію моделі FZ6.