TDM900 був представлений в 2001 році як наступник TDM850 (як нова модель в 2002 році). Після першого покоління, представленого в 1991 році (92 в Японії) і другого покоління, представленого в 1996 році (98 в Японії), TDM900 позиціонується як "третє покоління TDM", з 4-тактним, паралельним двоциліндровим двигуном з рідинним охолодженням Робочий об'єм 5-ти клапанного двигуна DOHC був збільшений до 897 куб.см і застосовано впорскування палива. Повітрозабірники регулюються, а рама виготовлена з легкого алюмінію. Зовнішній вигляд, включаючи передню маску, також був оновлений, але при цьому було чітко зазначено, що це наступник TDM850. Трансмісія була шестиступінчастою версією TDM900. Незабаром після його появи в модельному ряду з'явився варіант (TDM900A), оснащений ABS (антиблокувальною системою гальм), який, на відміну від TDM850, так і не був офіційно представлений на японському ринку і був лише заокеанською моделлю. В Європі, де він був базовою моделлю, він залишався в лінійці до 2012 модельного року. *Продажі в Японії здійснювала компанія Presto Corporation, яка імпортувала (реімпортувала) моделі Yamaha для зарубіжних ринків (південноафриканська специфікація).