XJR1200, який дебютував в березні 1994 року, був представлений в центрі стенду Yamaha на 30-му Токійському мотосалоні, що відбувся в попередньому році, і став великим хітом як найбільша в світі "гола" модель з робочим об'ємом в Японії (на той момент). (Honda), XJR1200 був претендентом на великий ринок "голих" мотоциклів. Чотиритактний рядний чотирициліндровий двигун DOHC з повітряним охолодженням об'ємом 1188 куб.см, який перевершував своїх конкурентів, був створений на основі двигуна FJ1200. Нова система впуску та вихлопу усунула нестачу крутного моменту на низьких та середніх обертах, яка була характерна для чотирициліндрових двигунів з повітряним охолодженням. Для забезпечення стабільного охолодження був встановлений масляний радіатор в 1,4 рази більшої потужності, ніж у FJ1200. XJR став другою моделлю в серії XJR, після XJR400, представленої в 1993 році. 95 модель оснащувалася передніми гальмівними супортами Brembo, а модель 1996 року - ще більшим масляним радіатором. У 1998 році естафета перейшла до його наступника - XJR1300, який і завершив свою роль.