XJR1300 був випущений в березні 1998 року як наступник XJR1200 (1994-) і з'явився в той час, коли дув сильний попутний вітер для великих мотоциклів, так як отримати права на великий мотоцикл в автошколах стало можливим в 1996 році. Як видно з назви, збільшено об'єм двигуна та змінено розмір шин. Паралельний чотирициліндровий двигун, встановлений на мотоциклі, мав повітряне охолодження і загальний робочий об'єм 1250 куб.см, що є найбільшим робочим об'ємом для "голого" двигуна з повітряним охолодженням в Японії (в порівнянні з 1284 куб.см у Honda CB1300SF з водяним охолодженням і 1401 куб.см у Suzuki GSX1400 з масляним охолодженням). 2000 модельний рік Карбюратори BSR, колеса і гальма були змінені для зниження ваги, а в 2003 році він також отримав такі ж колеса, як у FZS1000 і зміни в налаштуваннях карбюратора для дотримання норм шуму. 2004 рік ознаменувався прийняттям тих же приладів, що і у європейської версії, а модель 2007 року (2006) Модель 2007 року (випущена в листопаді 2006 року) отримала впорскування палива замість карбюраторів. Це була остання зміна моделі, яка була характерна для зміни моделі, і виробництво продовжувалось до 2015 модельного року, зі змінами в кольоровій гамі.