BMW F650GS Dakar був випущений в серпні 2000 року як варіант моделі F650GS (одноциліндровий двигун). У той час BMW брала участь у ралі Париж-Дакар, а F650RR навіть став переможцем у класі мотоциклів на ралі Париж-Дакар-Каїр у 2000 році. F650 Fanduro був замінений на F650GS (Gerende Strasse), щоб ще більше підкреслити ралійно-рейдовий імідж BMW. У порівнянні зі стандартним F650GS, F650GS Dakar відрізнявся підвищеною прохідністю, подовженою передньою і задньою підвіскою (+40 мм передній хід/+45 мм задній хід), захистом рук і збільшеним розміром передніх коліс з 19 до 21 Розмір передніх коліс збільшено з 19 до 21 дюйма. Комбінація 19-дюймових на стандартній моделі та 21-дюймових на позашляховій версії є такою ж, як і на більш пізніх (з 2008 року) F650GS (двоциліндровий, 19-дюймовий) та F800GS (позашляхова версія, 21-дюймовий). У цьому відношенні F650GS Dakar можна розглядати як попередника F800GS. Лобове скло і передні крила також були спеціально розроблені для Дакара. Він був доступний до 2007 модельного року, з незначними змінами в специфікації (наприклад, подвійна іскра з 2004 модельного року).