1098R Troy Bayliss Edition, випущена в 2009 році, стала спеціальним виданням, названим на честь австралійського гонщика Троя Бейлісса, який пішов на пенсію в попередньому році (2008). Бейлісс - легенда Ducati, який завоював свій дебютний титул чемпіона світу з супербайку (SBK) в 1098 році (F08) і виграв свій третій чемпіонат (всі на техніці Ducati). Видання Troy Bayliss базувалося на омологаційній моделі SBK 1098R, але було одягнене в особливі кольори і мало табличку з серійним номером, вигравірувану на верхньому мосту.