1299 Panigale S був представлений у 2015 році як модель вищого класу 1299 Panigale. S-Type позиціонувався як модель, що розділяла двигун і раму з базовою моделлю, але мала посилену підвіску і т.д., і так воно і залишилося з 1299 Panigale S. Головною особливістю стала напівактивна підвіска з електронним управлінням (Öhlins Smart EC). Напівактивна підвіска, яка сприймала дорожні умови, прискорення, уповільнення і кут крену для автоматичної оптимізації демпфуючих характеристик амортизаторів (амортизаторів), працювала спільно з різними електронними системами управління, також присутніми на базовій моделі, щоб допомогти водієві сконцентруватися на своїй їзді. Також S-Type відрізнявся фарами головного світла, які встановлювалися на S-Type. S-Type також отримав світлодіодні фари і карбонові передні крила, такі ж, як у 1199 Panigale епохи S-Type. Перемикач швидкостей, який тепер також був доступний для перемикання на нижчу передачу, і повнокольорова РК-панель приладів TFT були такими ж, як і на 1299 Panigale; він був доступний до 2017 модельного року, а в наступному році, коли Superbike став Panigale V4, S-Type також змінився на Panigale V4S.