XLR250 Baja був випущений в грудні 1987 року як модель на базі XLR250R, яка дебютувала в 1986 році, з фарою великого діаметру з двома лінзами і дисковими гальмами на задніх колесах. Свою назву BAJA отримала на честь півострова Баха Каліфорнія в США, де проходять перегони Баха на 1000 миль, одні з найжорсткіших перегонів по бездоріжжю у світі. Він випускався до 1994 модельного року, зі змінами в підвісці, а пізніше його змінила модель XR250 Baja. Офіційна назва моделі від Honda - XLR BAJA, але в цьому розділі додано 250, щоб полегшити контраст з базовою моделлю.