BMW R Ninety Scrambler, як випливає з назви, був випущений в жовтні 2016 року (на японському ринку) як варіант скремблера на базі R Ninety. Це була друга модель з серії "R Ninety-derived Heritage Series", яка мала бути наступною. Сама по собі R Ninety була моделлю, призначеною для кастомізації користувачем, тому розробка варіацій самою компанією BMW була передбачуваною. Зовні R Ninety відрізнявся встановленими зверху глушниками, як у моделей Scrambler минулих років, і на відміну від моделі родстера R Ninety, розмір передніх коліс був збільшений до 19 дюймів і використані вертикальні передні вилки. Базова конфігурація, що включала двоциліндровий двигун з повітряно-масляним охолодженням об'ємом 1169 куб.см з плоским розташуванням циліндрів (boxer twin), була подібна до конфігурації R Ninety. Підігрівачі зчеплення були стандартним обладнанням. 2021 модельний рік отримав такі зміни, як відповідність європейським нормам Євро-5, вибір режиму посадки під дощем і на дорозі, а також USB-порт живлення. *Транспортні засоби, відвантажені 1 вересня 2017 року або пізніше на японському ринку, були оснащені бортовим пристроєм ETC в стандартній комплектації.