1299 Panigale S Anniversario був спеціальною моделлю, представленою на WDW 2016 (World Ducati Week 2016) на автодромі Мізано в липні 2016 року. "Відзначали" 90-річний ювілей компанії Ducati. Всього 500 штук було випущено обмеженою серією по всьому світу, а на верхньому мосту була розміщена табличка з серійним номером. В основному ті ж технічні характеристики, що і у 1299 Panigale S, але з вдосконаленою системою контролю тяги і контролю коліс, це була єдина модель в серії 1299 Panigale (за винятком Superleggera), яка прийняла ліврею Corse.