Ducati 999S є проміжною моделлю в серії "999" моделей супербайків, що випускалися з 2003 по 2006 рік. Він був створений як проміжна модель між стандартним 999 і супербайком 999R, з передньою і задньою підвіскою Öhlins в порівнянні з 999. 2005 модельний рік побачив 999S модернізованим маятником 999R і гальмівними супортами з радіальним кріпленням (спереду). ) та ін., були прийняті на озброєння для модернізації моделі під назвою 999S.