Monster S2R1000 був представлений в 2006 році і відрізнявся від моделі Monster S2R, яка була в лінійці з попереднього року. У той час як попередній Monster S2R оснащувався тим же 803-кубовим двигуном з повітряним охолодженням, що і Monster 80, Monster S2R1000 оснащувався 992-кубовим двигуном з повітряним охолодженням, успадкованим від Monster 1000. Обидві моделі Monster S2R (800/1000) мали однаковий консольний маятник і два вихлопи з правого боку, так само як і Monster S4R з водяним охолодженням. Ця модель відтворила агресивний стиль Monster з водяним охолодженням з силовим агрегатом, аналогічним тому, що встановлювався на Superbike, але з двигуном повітряного охолодження, який був характерний для оригінального Monster. Однак, в той час як 803-кубовий Monster S2R був розроблений для більш легкої керованості, з мокрим зчепленням, Monster S2R1000, як і Monster 1000/S, був оснащений сухим зчепленням і повністю регульованою передньою підвіскою (можна було регулювати як попереднє навантаження, так і силу демпфірування). Monster S2R1000 був флагманом лінійки Monster з повітряним охолодженням, поряд з S4R (S4Rs) з водяним охолодженням.