Monster S2R1000 був представлений в 2006 році і відрізнявся від моделі Monster S2R, яка була в лінійці з попереднього року. У той час як попередній Monster S2R оснащувався тим же 803-кубовим двигуном повітряного охолодження, що і Monster 80, Monster S2R1000 оснащувався 992-кубовим двигуном повітряного охолодження, успадкованим від Monster 1000. Обидва Monster S2R (800/1000) мали однаковий консольний маятник і два вихлопи з правого боку, так само, як і Monster S4R з водяним охолодженням. Ця модель відтворювала агресивний стиль Monster з водяним охолодженням з силовим агрегатом, схожим на Superbike, але з повітряним охолодженням, що було характерно для оригінального Monster. Однак, в той час як 803-кубовий Monster S2R був спроектований як більш легкий в управлінні, з мокрим зчепленням, Monster S2R1000, як і Monster 1000/S, був оснащений сухим зчепленням і повністю регульованою передньою підвіскою (можна було регулювати як попереднє навантаження, так і силу демпфірування). Monster S2R1000 був флагманом лінійки Monster з повітряним охолодженням, поряд з моделями S4R (S4Rs) з водяним охолодженням.