Multistrada 1200 S Gran Turismo був новим варіантом, який з'явився в 2013 році, коли Multistrada 1200 зазнав незначних змін, а більш висококласний S-тип (Multistrada 1200 S) був оснащений напівактивною підвіскою. З незначними змінами цього року двигун Testastretta 11° (Одинадцять градусів) на кожній моделі Multistrada 1200 став двотактним з двома свічками запалювання на циліндр, а електронні системи управління, окрім напівактивної підвіски, також стали більш досконалими. Multistrada 1200S Grand Touring була оснащена більшими багажниками (об'ємом 73 л) і верхнім багажником (48 л), комфортабельним сидінням, захистом двигуна і світлодіодними підфарниками, ніж ті, що встановлювалися на 1200S Touring. Кермо також було на 20 мм вище, ніж на 1200S Touring, а шини були встановлені на мотоцикл Pirelli Angel GT.