Оскільки в 2018 році Multistrada 1200 перетворилася на Multistrada 1260, її старша версія, "S-версія", також отримала назву Multistrada 1260S. Робочий об'єм двигуна Testastretta DVT (компактна головка з регульованими фазами газорозподілу) збільшено до 1262 куб.см, а електронне управління ходовою частиною вдосконалено, як і на стандартній моделі. Крім того, версія S оснащується напівактивною підвіскою Ducati Skyhook Suspension (DSS) EVO. Переднє гальмо оснастили чотирипоршневим моноблочним супортом Brembo M50, а діаметр гальмівного диска збільшили до 330 мм. Ще одним елементом був швидкий перемикач передач, який дозволяв перемикатися вгору і вниз без необхідності натискання на важіль зчеплення. Іншими відмінностями від стандартної моделі стали повністю світлодіодні фари з поворотними ліхтарями та 5-дюймова повнокольорова TFT-панель приладів.