Як і CBR250R, CBR400R був ще однією моделлю з такою ж назвою, яка неодноразово з'являлася протягом століть. Вперше використаний наприкінці 1980-х, коли популярність гоночних реплік була на піку, CBR400R (модель NC23), випущений в липні 1986 року, був оснащений рядним чотирициліндровим двигуном DOHC з рідинним охолодженням і точним регулюванням клапанів на високих обертах. Кулачкова передача (розподільні вали приводилися в рух шестернями, а не ланцюгом) та інші особливості забезпечували максимальну потужність 59 к.с. (значення добровільного регулювання) при 12 500 об/хв. Це був суперспорт з алюмінієвою двотрубною рамою і потрійними дисковими гальмами (подвійні передні і задні колеса також дискові). Однак CBR400R зник у 1988 році з появою більш радикальної моделі CBR400RR. Більш ніж через 25 років, у квітні 2013 року, CBR400R (модель NC47) знову з'явився в новому модельному ряді Honda. CBR400R мав той самий спортивний дизайн з повним капотом, що і колишня модель NC23, але бум реплік вже залишився в минулому, а популярність суперспортивних мотоциклів літрових класів 2000-х років пішла на спад, тому стиль CBR400R нагадував суперспорт CBR1000RR тієї ж епохи. CBR400R був спортивним мотоциклом для веселого катання, який міг би сподобатись широкому колу користувачів. Моделі CB400F (голий) і 400X (кросовер) були випущені послідовно через місяць після CBR400R і мали багато спільних компонентів, таких як двигун і рама, з цими двома моделями. У 2016 році CB400F зазнав повної зміни моделі, щоб відповідати нормам викидів 2016 року. У зв'язку з цим були прийняті світлодіодні фари і т.д. ABS стала стандартним обладнанням з 2018 модельного року, і налаштування типу більше не були доступні. Восени того ж року на виставці EICMA (Міланська виставка) було представлено оновлену версію CBR500R, закордонну версію CBR400R. З наступного березня 2019 року CBR400R для Японії також перейшов на нову модель. У 2022 році CBR400R зазнав незначних змін, щоб відповідати нормам викидів 2020 року. У березні 2024 року дизайн екстер'єру було змінено і доповнено трекшн-контролем, кольоровими РК-лічильниками та іншим обладнанням.