Як і CBR250R, CBR400R був ще однією моделлю з такою ж назвою, яка неодноразово з'являлася протягом століть. Вперше використаний в кінці 1980-х років, коли популярність гоночних реплік була на піку, CBR400R (модель NC23), випущений в липні 1986 року, був оснащений рядним чотирициліндровим двигуном DOHC з рідинним охолодженням і точною роботою клапанів на високих оборотах. Кулачкова передача (розподільні вали приводилися в рух шестернями, а не ланцюгами) та ін. забезпечували максимальну потужність 59 к.с. (значення добровільного регулювання) при 12 500 об/хв. Це був суперспорт з алюмінієвою двотрубною рамою і потрійними дисковими гальмами (подвійні передні і задні колеса також дискові). Однак CBR400R зникла в 1988 році з появою більш радикальної CBR400RR. Більш ніж через 25 років, у квітні 2013 року, CBR400R (модель NC47) знову з'явився в новому модельному ряді Honda. CBR400R розділяв той же спортивний дизайн з повним капотом, що і колишня модель NC23, але бум на репліки вже залишився в минулому, а популярність суперспортивних мотоциклів літрових класів 2000-х років пішла на спад, тому стиль CBR400R нагадував суперспорт CBR1000RR тієї ж епохи. CBR400R був спортивною моделлю, що приносила задоволення від їзди і була доступна широкому колу користувачів. Моделі CB400F (голий) і 400X (кросовер) були випущені послідовно через місяць після CBR400R, поділяючи багато компонентів, таких як двигун і рама, з цими двома моделями. У 2016 році CB400F пройшов повну зміну моделі і відповідає нормам викидів 2016 року. У зв'язку з цим були прийняті на озброєння світлодіодні фари і т.д. ABS стала стандартним обладнанням з 2018 модельного року, а налаштування типу більше не були доступні. На виставці EICMA (Міланська виставка) восени того ж року CBR500R, закордонна версія CBR400R, зазнала зміни моделі. З березня 2019 року CBR400R для Японії також була переведена на нову модель. У 2022 році CBR400R зазнав незначних змін, щоб відповідати нормам викидів 2020 року. При цьому переднє гальмо було замінено на дводискове, а зміни в специфікації передбачали використання перевернутих вилок.