CL400, випущений у вересні 1998 року, був спортивною моделлю в стилі скремблер з одноциліндровим двигуном повітряного охолодження. CL400 став першою одноциліндровою 400-кубовою спортивною моделлю Honda з часів GB400TT в 1985 році, і, безсумнівно, був натхненний популярністю Yamaha SR400, чия популярність не зменшилася через 20 років після дебюту. Ключовими моментами стилістики стало відтворення скремблерного стилю минулих років. Простота краплеподібного бака і плоского сидіння була покликана посилити присутність двигуна, який був оснащений тепловідвідними ребрами з повітряним охолодженням. Згодом для CL400 став характерним напівпіднятий глушник з двома вихлопними патрубками зліва і справа. Незважаючи на те, що модель користувалася великим попитом, виробництво закінчилося без дотримання норм викидів 1999 року. На зміну моделі з одноциліндровим двигуном повітряного охолодження об'ємом 400 куб.см прийшла CB400SS (standard single), яка перейняла універсальний дорожньо-спортивний стиль.