Ninja 1100SX SE був випущений одночасно з базовою моделлю як спеціальна версія Ninja 1100SX, яка була представлена як "нова" модель 2025 року. Хоча базова конфігурація, включаючи 1 098-кубовий паралельно-четвірний двигун DOHC, різні електронні системи управління та обладнання були такими ж, як і у моделі Ninja 1100SX 2025 року, передні гальма були оснащені супортами і дисками Brembo M4.32, а задній амортизатор Öhlins S46. задній амортизатор Öhlins S46. Швидкий перемикач передач встановлювався ще з Ninja 1000SX, але на Ninja 1100SX початкова швидкість була знижена з 2 500 об/хв до 1 500 об/хв, що дозволило працювати на більш низьких швидкостях. Передній і задній привідні реєстратори встановлюються в стандартній комплектації. На кермі також з'явився порт USB Type C.