Ninja 250 дебютував у 2013 році як перероблена версія Ninja 250R, який був представлений у 2008 році і повернув популярність 250-кубових спортивних мотоциклів з повним капотом до Японії. Ninja 250R був оснащений тим же двигуном з рідинним охолодженням і паралельним розташуванням циліндрів, але мав таку ж фару з двома лінзами і гострий дизайн кузова, як і мотоцикли серії Ninja з більшим робочим об'ємом циліндрів. З 2015 року Ninja 250R оснащувався допоміжним зчепленням і просувним зчепленням. Також щороку випускалися спеціальні версії, багато з яких відрізнялися лише лівреєю та графікою, але спеціальна версія KRT Winter Test Edition 2017 року мала специфічні відмінності в специфікації, наприклад, використання передніх і задніх радіальних шин (стандартна модель була нешипованою). Ninja 300 з таким же зовнішнім виглядом також був доступний як закордонна модель, а в конфігурації Ninja з 250-кубовим двигуном був також одноциліндровий, легкий Ninja 250 SL (2015). На Токійському мотосалоні восени минулого року було оголошено, що повна зміна моделі відбудеться у 2018 році, до 10-ї річниці запуску Ninja 250R, з новим іміджем, характеристиками та обладнанням, який буде представлений у лютому 2018 року. Модель 2023 року відповідає нормам викидів 2020 року.