Ninja 250R був випущений в 2008 році, відродивши популярність 250-кубових спортивних мотоциклів на японському ринку. Однак Ninja 250R не призначався в першу чергу для японського ринку, а був глобальною стратегічною моделлю для продажу в Південно-Східній Азії та інших країнах світу, виробництво якої здійснювалося в Таїланді. Це стало однією з причин успіху Ninja 250R (він був дешевшим за моделі Estrella та KLX250 того ж року, і дешевшим за ZZR250 2002 року), оскільки його ціна була нижчою за 500 000 ієн. Ninja 250R оснащувався 249-кубовим 4-тактним двоциліндровим двигуном з рідинним охолодженням і паралельним розташуванням циліндрів, який, незважаючи на свій суперспортивний зовнішній вигляд, отримав практичні характеристики потужності в діапазоні середніх і низьких обертів. Рама і шасі не мали чітких специфікацій 250-кубових спортивних мотоциклів минулого, але загальна привабливість Ninja 250R, включаючи його спритну керованість і хорошу реакцію на дросельну заслінку, отриману завдяки акценту на низьких і середніх швидкостях, допомогла йому стати дуже популярним. До Ninja 250R у вітчизняному модельному ряду кілька років не було повнокапотних спортбайків, але після цього успіху Honda, Suzuki і Yamaha також представили повнокапотні спортбайки в цьому ж класі. Єдиною зміною моделі Ninja 250R стала нова панель приладів у 2011 модельному році, за якою послідували зміни кольору та спеціальні лімітовані серії екстер'єру, перш ніж у липні 2012 року було представлено спеціальну версію, а наступного року Ninja 250 передав естафету своєму наступнику.