Наприкінці 2000-х років Ninja 400R був випущений в 2011 році, щоб скористатися новою популярністю спортивних мотоциклів з повним обтічником на внутрішньому ринку Японії після успіху Ninja 250R. Однак це була не версія Ninja 250R з більшим робочим об'ємом, а 400-кубовий варіант експортно-орієнтованого ER-6f (600-кубовий повнокапотний варіант). Серія ER була високо оцінена, особливо в Європі, як добре збалансована практична модель, а Ninja 400R для внутрішнього ринку була також 400-кубовою версією вітрозахисного ER-6f (600-кубової моделі з повним капотом). Модель Ninja 400R, що випускалася до 2013 року, наступного року була перероблена в Ninja 400, але нова модель також пішла по стопах серії ER і залишалася в лінійці до 2017 року.