Перша модель з назвою Ninja 650 була представлена на внутрішньому ринку Японії з моделлю Ninja 650 ABS, запущеною в травні 2017 року, але до цього вона існувала як закордонна модель. Це було пов'язано з тим, що ER-6f, повнокапотна модель середнього класу, оснащена паралельно-двоциліндровим двигуном і відома як ER-6 в Європі, була відома як Ninja 650 (Ninja 650R) на північноамериканському ринку та в інших країнах. Модель Ninja 650, яка мала трубчасту сталеву раму і зміщений задній амортизатор, була представлена в 2012 році і випускалася до 2016 модельного року, і була по суті тією ж моделлю, що і ER-6f того ж року. 2017 рік ознаменувався зміною моделі, і вона була додана в модельний ряд для Японії Ninja 650 отримав гострий, різкий дизайн, характерний для серії Ninja тієї ж епохи, освіживши образ епохи серії ER-6. Рама також була нового решітчастого типу, а встановлений на ній двигун - 649-кубовий паралельний двоциліндровий DOHC з рідинним охолодженням та чотирма клапанами, який був продовженням свого попередника. В цей же час був представлений "голий" Z650, обидва з бортовим обладнанням ETC в стандартній комплектації; з 2018 модельного року прибрали позначення ABS в назві, а в жовтні 2019 року відбулася презентація моделі 2020 року для США і Європи. Новий передній обтічник був схожий на обтічник Ninja ZX-6R, зі світлодіодними фарами і повністю TFT LCD приладами. Нова модель продавалася в Японії "як є" (з лютого 2020 року), а модель 2022 року відповідає нормам викидів 2020 року. Дещо змінено індикацію витрати пального, але жодних змін в технічних характеристиках чи експлуатаційних якостях не відбулося.