Ninja ZX-9R, який з'явився в 1994 році, не був "реплікою гонщика", незважаючи на те, що носив повний капот. Це було пов'язано з тим, що в гонках Superbike в той час верхня межа робочого об'єму для чотирициліндрових двигунів становила 750 куб.см, тому його реплікою стала модель ZXR750, за якою в подальші роки послідувала Ninja ZX-7R. Не репліка, а концепт Ninja ZX-9R був справжнім суперспортом. Він позиціонувався як Ninja другого покоління, оскільки рік його появи в 1994 р. був через 10 років після дебюту GPZ900R Ninja (1984 р.). Початковий Ninja ZX-9R отримав код ZX900B1, заснований на чотирициліндровому агрегаті з рідинним охолодженням від ZXR750, з робочим об'ємом збільшеним до 899 куб.см і потужністю 139 к.с., при цьому також використовувалася перевірена система Ram Air від ZZR1100 (Ninja ZX-11). 4 роки по тому в 1998 році У 1998 році відбулася повна заміна моделі на С-тип (ZX900C1). Тут базовий двигун змінили на Ninja ZX-6R. Ninja ZX-10R, новий суперспорт, був випущений в 2004 році, інтегрований з Ninja ZX-7R. Ninja ZX-9R іноді називали "магічною дев'яткою", оскільки його 900-кубовий робочий об'єм мав особливе значення для Kawasaki, як і Z1 (900 Super 4) та GPZ900R (Ninja).