Thruxton 1200R, представлений в 2016 році, став високопродуктивною моделлю в новій лінійці Bonneville з водяним охолодженням. Назва Thruxton походить від гонок на витривалість, які раніше проводилися на трасі Thruxton у Великобританії, а моделі Bonneville з повітряним охолодженням з назвою Thruxton також існували в епоху повітряного охолодження і вважалися лідерами по продуктивності в стилі кафе-рейсерів, і цій моделі був наданий подібний характер Новий Thruxton з 1200-кубовим двигуном рідинного охолодження випускався в двох моделях - Thruxton і Thruxton R. Спочатку на японському ринку був представлений тільки Thruxton R з посиленою підвіскою, але пізніше в модельний ряд був доданий небрендований Thruxton. Двигун з рідинним охолодженням об'ємом 1200 куб.см з моменту появи був доступний у двох типах: "високомоментний" та "високопотужний", перший використовувався на Bonneville T120, а другий - на Thruxton. Управління дросельною заслінкою здійснювалося за допомогою електричних сигналів, і передбачалося три режими: "Дорога", "Дощ" і "Спорт". Також були встановлені трекшн-контроль, ABS, допоміжне зчеплення і USB-роз'єм.