Thruxton 1200R, представлений в 2016 році, став високопродуктивною моделлю в новій лінійці Bonneville з водяним охолодженням. Назва Thruxton походить від гонок на витривалість, які раніше проводилися на трасі Thruxton у Великобританії, а моделі Bonneville з повітряним охолодженням з назвою Thruxton також існували в епоху повітряного охолодження, і вважалися лідерами по продуктивності в стилі кафе-рейсерів, і цій моделі був наданий подібний характер Новий Thruxton, оснащений 1200-кубовим двигуном рідинного охолодження, був доступний в двох моделях, Thruxton і Thruxton R. Thruxton R був більш спортивною версією з моноблочними супортами Brembo, заднім амортизатором Ohlins і великими поршневими вилками Showa. Thruxton R була спортивною версією з моноблочними супортами Brembo, задніми амортизаторами Ohlins і великими поршневими вилками Showa. Двигун з рідинним охолодженням об'ємом 1200 куб.см з моменту його появи був доступний у двох типах: "високомоментний" та "високопотужний", перший використовувався на Bonneville T120, а другий - на Thruxton. Управління дросельною заслінкою здійснювалося за допомогою електричних сигналів, і передбачалося три режими: "Дорога", "Дощ" і "Спорт". Також були встановлені трекшн-контроль, ABS, допоміжне зчеплення і USB-роз'єм.