350R1 (YR1), представлений на Токійському автосалоні в попередньому році і випущений в 1967 році, був суперспортивною моделлю, оснащеною двотактним двоциліндровим двигуном повітряного охолодження об'ємом 348 куб.см з паралельним розташуванням циліндрів, найбільшим робочим об'ємом на той час у Yamaha. Він оснащувався алюмінієвим циліндром з відмінним тепловідведенням, п'ятиступінчастою коробкою передач зворотного типу, подвійною люльковою рамою і триступеневою регульованою задньою підвіскою. Передні та задні шини були розроблені спільно з компанією Dunlop і призначені для високих швидкостей з новим малюнком протектора. Назву "R1" також використовували для суперспортивних моделей, що з'явилися наприкінці 20-го століття. До речі, фальшивий мотоцикл, який використовували винуватці "інциденту з 300 мільйонами ієн" у грудні 1968 року, був побудований на базі 350R1.