У 2021 модельному році MT-09 змінили, щоб відповідати європейському екологічному стандарту Євро-5: паралельний трициліндровий двигун з рідинним охолодженням зберіг той самий діаметр циліндрів (78 мм), хід поршня збільшили (з 59 мм до 62,1 мм), а робочий об'єм збільшили до 889 куб. см. Максимальна потужність і крутний момент були відповідно збільшені, але слід зазначити, що максимальний крутний момент був знижений на 1 500 об/хв. Акцент на крутний момент, характерний для поперечно розташованих двигунів, також можна побачити в числових змінах. Рама тепер має алюмінієву конструкцію типу дельта-бокс, що дозволило зменшити вагу лише рами приблизно на 2,3 кг. Разом з колесами, які стали на 700 г легшими, загальна вага зменшилася на 4 кг. Також було впроваджено різні електронні елементи керування, включаючи швидкий перемикач для перемикання на вищу та нижчу передачі, шестиосьовий IMU, ABS на поворотах, контроль ковзання та контроль підйому коліс. Прилади - 3,5-дюймовий кольоровий РК-дисплей, також використовуються світлодіодні індикатори. Технічні характеристики та зображення відповідають європейській моделі на момент її запуску (цифри наведені для специфікацій для Великобританії).