WR250X був супермотард-спецмоделлю, яка мала базові компоненти з WR250R, що був розроблений на основі концепції YZF-R1 для їзди по бездоріжжю. WR250X був випущений в листопаді 2007 року, як і WR250R (модель 2008 року), але на два тижні пізніше. Чотиритактний одноциліндровий двигун з рідинним охолодженням, який вважався надто потужним для позашляховика, надав супермотарду (WR250X), основною сценою якого була дорога, надзвичайний приріст продуктивності. Як і WR250R, він не зазнав значних змін в моделі і закінчив своє життя в 2017 модельному році. На ранньому та середньому етапах життя моделі також був доступний колір стробоскопа як специфікація YSP (офіційного дистриб'ютора Yamaha).