WR250X був супермотардною версією, яка розділяла основні компоненти з WR250R, розробленою на основі концепції YZF-R1 для використання в умовах бездоріжжя. Він був спущений на воду на два тижні пізніше, ніж WR250R. Чотиритактний одноциліндровий двигун з рідинним охолодженням, який вважався занадто потужним для позашляховика, надав Super Motard (WR250X), основною сценою якого була дорога, приголомшливий приріст продуктивності. Як і WR250R, він не зазнав значних модельних змін і завершив своє модельне життя з 2017 модельним роком. На ранньому і середньому етапах життя моделі також був доступний колір стробоскопа в якості специфікації YSP (офіційного дистриб'ютора Yamaha).