XJR400 дебютував у березні 1993 року. З цього моменту XJR400 проіснував приблизно 14 років, до 2007 модельного року, коли виробництво його наступника, XJR400R, який пізніше з'явився як високопродуктивна модель, було припинено. Спочатку ім'я XJ було символічним брендом для чотиритактних спортивних моделей Yamaha, і в 1993 році, коли в автошколах ще не видавали посвідчення водія великих мотоциклів, XJR400 був "голим" спортивним мотоциклом, який багато хто з водіїв міг собі дозволити. Двигун був 399-кубовим паралельним чотирициліндровим чотириклапанним DOHC з повітряним охолодженням, з масляним радіатором в якості стандартного обладнання для стабільного охолодження. У квітні 1994 року з'явилася версія XJR400S, і модель S була оснащена підвіскою Ohlins в якості стандартного обладнання, хоча в 1995 році вона отримала незначні зміни, У тому ж році XJR400R був представлений як вдосконалена модель з модифікованою підвіскою, а XJR400 позиціонувався як "базова модель".