Дебют XJR400 відбувся в березні 1993 року. З цього моменту і до 2007 модельного року, коли закінчилося виробництво його наступника, XJR400R, який пізніше з'явився як високопродуктивна модель, термін служби XJR400 склав приблизно 14 років. Спочатку ім'я XJ було символічним брендом для чотиритактних спортивних моделей Yamaha, а в 1993 році, коли ліцензії на великі мотоцикли ще не були доступні в автошколах, XJR400 був "голим" спортивним мотоциклом, який багато гонщиків могли реально купити. Двигун був 399-кубовим паралельним чотирициліндровим DOHC з повітряним охолодженням і чотирма клапанами, з масляним радіатором в якості стандартного обладнання для стабільного охолодження У квітні 1994 року була додана модель XJR400S в якості версії, а S оснащувався підвіскою Ohlins в якості стандартного обладнання У 1995 році мотоцикл отримав незначні зміни. У тому ж році XJR400R був представлений як вдосконалена модель з модифікованим обладнанням підвіски, а XJR400 позиціонувався як "базова модель".