YZF-R6 був суперспортивним 600-кубовим мотоциклом, який був представлений на виставці Intermot 1998 року (Кельн, Німеччина) і з'явився наступного року в 1999 році. YZF-R1 дебютував роком раніше, а YZF-R6 був машиною, яка поєднувала в собі компактне шасі і філософію високої потужності R1 з характеристиками 600-кубової машини. Його попередником був YZF600R, також відомий як Thundercat, і компактність його шасі проявлялася в його колісній базі, яка була на 25 мм коротшою, ніж у Thundercat. З моменту свого першого представлення до 2010 року YZF600R зазнав ряд модельних змін за короткий проміжок часу: модель 2001 року відрізнялася полегшеним дизайном, включаючи перший світлодіодний задній ліхтар на мотоциклі, повна зміна моделі в 2003 році, перевернута вилка в 2005 році і повна зміна моделі в 2006 році. 2012 рік ознаменувався випуском спеціального видання YZF600R на честь 50-річчя участі Yamaha в шосейно-кільцевих перегонах. У 2017 році модель зазнала перших за багато років повних змін і (як і дебютний R6) нагадувала новий YZF-R1, що з'явився в 2003 році.