YZF1000R був однією з нових моделей, анонсованих на 1996 рік на Паризькій виставці восени 1995 року. Позиціонується як вершина суперспортивних моделей Yamaha на заміну попереднього FZR1000, рядний чотирициліндровий, DOHC, п'ятиклапанний двигун був майже повністю перероблений, хоча картер був спільним з FZR1000. Отвір був дещо збільшений, а фактичний робочий об'єм збільшився до 1002 куб.см. Рама являла собою алюмінієвий дельта-бокс, що повторював габарити YZF750R. YZF1000R, який був розроблений для того, щоб на ньому було весело їздити по дорогах загального користування в передмістях Європи, став попередником YZF-R1, який з'явився двома роками пізніше. Це проявилося в тому, що концепція раннього YZF-R1, який прагнув до азарту на звивистих дорогах, була практично ідентична концепції YZF1000R. Він мав прізвисько Громовий Туз, про що свідчить позначка на капоті. *Модель тільки для зарубіжних країн.