XLR250 Baja був випущений в грудні 1987 року як модель на базі XLR250R, який дебютував в 1986 році, з фарою великого діаметру з двома лінзами і дисковими гальмами на задніх колесах. BAJA була названа на честь каліфорнійського півострова Баха в США, де проводяться 1000-мильні перегони Баха, одні з найскладніших у світі перегонів по бездоріжжю. Мотоцикл випускався до 1994 модельного року зі змінами в підвісці, а згодом був замінений на XR250 Baja. Офіційна назва моделі від Honda - XLR BAJA, але в цьому розділі додано 250, щоб полегшити контраст з базовою моделлю.