Випущений в грудні 1986 року, FZR250 (87 модельний рік) був чотиритактним двигуном гоночної репліки, на відміну від двотактної репліки TZR250. Він став четвертою моделлю в серії FZR, після FZR1000, FZR750 і FZR400, і був наступником FZ250 Fazer по робочому об'єму. Фактично, рядний чотирициліндровий двигун Genesis Concept з кутом нахилу вперед 45° був вдосконаленою версією FZ250 Fazer, а система запалювання - повністю транзисторною версією FZR400. Модель 1988 року мала вихлопний пристрій EXUP від Yamaha. Двигун був оснащений вихлопним пристроєм EXUP від Yamaha, який збільшив крутний момент з 5 000 до 10 000 об/хв, практичного повсякденного діапазону обертів. Він також отримав глушник з еліптичним перерізом, що поліпшило імідж гонщика і зменшило об'єм вихлопу. Наступного, 1989 року, була представлена наступна модель, FZR250R, яка стала завершенням моделі FZR250.