XJR400R був вдосконаленою версією чотирициліндрового "голого" XJR400 з повітряним охолодженням, випущеного в 1993 році. Його дебют відбувся в лютому 1995 року. У той час XJR400 також продавався разом з XJR400 і являв собою комбінацію базової та вдосконаленої моделі. У січні 1996 року до лінійки додалася модель XJR400RII з бікіні-капотом і квадратними фарами, і серія XJR400R тимчасово складалася з трьох моделей. Перші незначні зміни були внесені в 1998 році. На додаток до змін в екстер'єрі, ємність бака була збільшена до 20 літрів (раніше було 18 літрів). Наступне велике вдосконалення відбулося в 2001 році. Карбюратор і заднє колесо були новими, а передні і задні шини - радіальними. Після 2007 модельного року Zephyr продовжував випускатися в основному в різних кольорах і був вилучений з каталогу, за винятком введення протиугінного пристрою в 2004 році в якості стандартного обладнання. Разом з Zephyr χ (до 2008 року) це був останній чотирициліндровий мотоцикл з повітряним охолодженням.