XJR400R був вдосконаленою версією чотирициліндрового "голого" XJR400 з повітряним охолодженням, випущеного в 1993 році. Дебют відбувся у лютому 1995 року. У той час паралельно з XJR400 також продавався XJR400, який представляв собою комбінацію базової та вдосконаленої моделі. У січні 1996 року в модельний ряд був доданий XJR400RII з капотом бікіні і квадратними фарами, а серія XJR400R тимчасово складалася з трьох моделей. Перші незначні зміни були внесені у 1998 році. Мотоцикл зазнав зовнішніх змін, а об'єм паливного бака збільшився до 20 літрів (раніше було 18 літрів). Наступне значне покращення відбулося у 2001 році. Карбюратор та заднє колесо були новими, а передня та задня шини - радіальними. Zephyr в основному був продовжений зі зміною кольору і вилучений з каталогу після 2007 модельного року, за винятком введення протиугінного пристрою в якості стандартного обладнання в 2004 році. Разом з Zephyr χ (до 2008 року) це був останній збережений чотирициліндровий мотоцикл з повітряним охолодженням.